Kiểm soát H. vastatrix là một nhiệm vụ khó khăn, trên thực tế không có giải pháp nhanh chóng cho vấn đề này. Các vụ dịch đã xảy ra và cho thấy H. vastatrix sinh sôi nảy nở trong các sự kiện kéo dài nhiều năm. 

Để điều trị phòng ngừa, thuốc diệt nấm gốc đồng có thể hiệu quả, trong trường hợp phát dịch, nên sử dụng kết hợp với thuốc diệt nấm toàn phần (như epoxiconazole hay pyraclostrobin) để tránh nguy cơ kháng thuốc của nấm.

Việc giảm sự phụ thuộc vào thuốc diệt nấm vì những lo ngại về sức khỏe và môi trường đã đòi hỏi phải tăng cường nghiên cứu để phát triển các giải pháp kiểm soát bệnh mới, hiệu quả và bền vững hơn. Một trong số đó có thể kể đến là việc tận dụng sự có mặt của các vi khuẩn và nấm sẵn có trong hệ sinh thái cà phê để sử dụng làm chất diệt khuẩn tiềm năng chống lại H. vastatrix. Các chủng vi khuẩn như Pseudomonas putida, Bacillus megaterium và B. thuringiensis đã được cô lập nhằm và cho thấy mức độ đối kháng đầy hứa hẹn về việc chống lại CLR. Tuy nhiên khả năng này vẫn cần thêm thời gian nghiên cứu.

• Chủng vi nấm gây bệnh gỉ sắt Coffee Rust trên cà phê
• Điều kiện phát triển bệnh gỉ sắt Coffee Rust trên cà phê

Nhân giống kháng bệnh

Việc nhân giống cây cà phê để chống gỉ được coi là chiến lược quản lý bệnh tốt nhất, cả về môi trường và kinh tế. Nỗ lực hiệu quả đầu tiên để lựa chọn nguồn gen kháng bệnh được tiến hành ở Ấn Độ vào năm 1911, với sự ra đời của giống Kent. Tuy nhiên, tính kháng cự này đã bị mất sau khoảng 10 năm canh tác tiếp xúc với mầm bệnh, Hiện tượng mất dần sức đề kháng này cũng đã được chú ý ở giống C. Liberica và C. Canephora. Điều này dẫn đến việc phát hiện ra rằng có nhiều “chủng loại” gỉ sắt cà phê hơn chúng ta nghĩ – Thực vậy, đến nay đã có hơn 45 chủng loại được xác định (Muller et al. 2009).

Chủng nấm Rusts được ghi nhận có kích thước bộ gen trung bình lớn nhất trong số các loại vi nấm, và bộ gen của H. vastatrix thì đứng đầu trong nhóm Rusts với trung bình 797 Mbp (Ramos et al., 2015; Tavares et al., 2014) – Điều này cho thấy chúng ta thực sự biết rấ ít về CLR.

CIFC và cây lai Hibrido de Timor

Quay lại những năm 1950, khi mối lo ngại về bệnh rỉ sắt đã tiếp cận lục địa nam Mỹ. Điều này đã khiến chính phủ Hoa Kỳ và Bồ Đào Nha ra sức hỗ trợ tài chính cho việc thành lập Trung tâm nghiên cứu cà phê (CIFC). Nhiệm vụ của CIFC ở Bồ Đào Nha là tập trung nghiên cứu về bệnh gỉ săt ở cấp độ quốc tế. Từ năm 1955, CIFC đã tiếp nhận và mô tả đặc tính của bệnh gỉ sắt cà phê và cung cấp các chương trình nhân giống cùng với hoạt động đào tạo khoa học kỹ thuật. Một trong những kết quả thực tế đầu tiên của CIFC là chứng minh rằng tất cả các giống cây trồng được trồng tại thời điểm đó ở Mỹ la Tinh (bao gồm Typica, Caturra, Mundo Novo và Bourbon) đều dễ mắc bệnh CLR.

Với việc khám phá ra Quần thể Hibrido de Timor (hay Timor Hybrid) tại đảo Timor vào năm 1927 đã mang đến nguồn gen chống bệnh gỉ sắt lần đầu tiên vào những năm 1950. Các cây Timor đã được chứng minh là con lai tự nhiên giữa Arabica và Robusta, với sức đề kháng đối với tất cả các chủng loại rỉ sắt được biết đến vào thời điểm đó. Năm 1960, CIFC bắt đầu một chương trình nhân giống nhằm chuyển sức đề kháng từ Timor sang các giống Arabica khác; Caturra và Villa Sarchi đã được lai chéo tại CIFC để đã tạo ra các quần thể Catimor và Sarchimor, tương ứng. Những quần thể này, sau đó được phát triển ở Colombia và Brazil và trở thành gốc chính của các giống kháng CLR sau này.